Na Ilha Remanescente, vive pequena porção sobrevivente da humanidade, Conan vive sozinho com seu avô até que a jovem Lana aparece na costa. Dois soldados de Indústria pousam seu hidroavião e sequestram Lana, e ameaçam os intrusos com um míssil.

Conan não consegue resgatar Lana dos soldados de Indústria. Seu avô morre devido aos ferimentos. Depois de enterrá-loô, Conan constrói um barco e sai para resgatar Lana.

Conan chega a uma ilha onde vive o menino selvagem Jimsy. Após brigarem, Conan e ele acabam se tornando amigos. O Barracuda chega à mesma ilha, e obrigam os moradores a recolherem plástico. Depois que Conan descobre que o Barracuda vem de Industria, ele e Jimsy planejam embarcar clandestinamente no navio.

Jimsy e Conan entram escondidos no navio, mas Jimsy fica bêbado e acaba sendo descoberto pelo capitão. Depois que os meninos são capturados, o capitão Dyce permite que Conan e Jimsy fiquem no navio se aceitarem uma punição e servir a tripulação. Eles trabalham no navio, até que finalmente o navio zarpa para a Indústria.

Depois que o Barracuda chega à Industria, Conan é jogado na prisão por atacar Monsley, que estava visitando o navio. Lepka, o egoísta líder do Alto Comitê de Indústria, ameaça Lana para que lhe conte onde está seu avô. Monsley decide acolher Conan para "reeducá-lo". Quando os soldados vêm buscá-lo, Conan escapa e, após uma fuga difícil pelas entranhas de Indústria, ele finalmente encontra Lana.

Durante a fuga, Conan e Lana encontram um avião dos tempos da guerra, que Lepka deseja abastecer com a tecnologia de energia solar do Doutor Lao, e usá-lo em seus planos de conquista mundial. Eles são capturados e Lepka ameaça machucar Conan se Lana não contar onde está seu avô, mas ela se recusa. Ao testemunhar a crueldade de Lepka, Dyce decide ajudar Lana.

Dyce escapa no meio do nevoeiro. Lepka obtém permissão para usar a Canhoneira e o Falco para perseguir Dyce. Conan escapa da prisão e entra escondido no Falco. Jimsy diz a Lana que é amigo de Conan. Dyce se encontra com Lana e quando ela fica com raiva por ele ter abandonado Conan, ele abre a janela e ameaça expulsá-la. Conan escapa e tenta embarcar no Barracuda.

A Canhoneira atraca no Barracuda e captura Dyce e sua tripulação. Lana e Conan escapam no barco salva-vidas. Ao tentar chegar à costa, a canhoneira explode o bote salva-vidas, mas Conan e Lana sobrevivem e chegam à ilha próxima, onde descobrem um antigo campo de batalha repleto de tanques. Lana ouve seu avô por telepatia, e Conan e Lana partem para cruzar o deserto.

Depois de cruzar o deserto, Lana e Conan são descobertos por um homem chamado Patch. Depois de provar suas habilidades de mergulho para Patch, Conan e Lana começam a trabalhar. Telit, que anseia por ser elevado a um grau superior de cidadania na Indústria, tenta identificá-los. Ele entra escondido no Falco, que passou por ali, e informa a Monsley que Conan e Lana estão lá.

Telit retorna à Indústria e recebe um rádio para informar Lepka quando Lana encontrasse seu avô. Um terremoto atinge a ilha deserta; Patch cai e fica preso embaixo do navio, e Conan o resgata. Quando é revelado que Patch é o Doutor Lao, Telit informa Industria sobre sua presença, sabendo que Indústria enviará forças para capturá-los, Lao, Conan e Lana escapam em um pequeno barco salva-vidas.

Lana e Doutor Lao recuperam a máquina voadora que Lao usou para escapar de Industria, mas eles precisam voltar lá para consertá-la completamente. Enquanto voavam para a cidade, eles encontram e resgatam Dyce, que foi deixado para morrer no deserto por seu ato de rebelião. Quando ocorre outro terremoto, Lao começa a supor que a crosta terrestre está se desintegrando.

Lana e Lao descem até o Bloco Central da Torre Triangular para adquirir o chip necessário para consertar seu panfleto. Enquanto Dyce e sua tripulação dão meia-volta, Conan liberta alguns prisioneiros que se rebelaram contra Lepka e, juntos, procuram Lao. Luke, o líder dos prisioneiros, conduz Conan e Jimsy ao Bloco Central, mas Lepka e seus soldados chegam lá também.

Lao deixa as crianças no Barracuda e retorna à Industria para ajudar seus cidadãos. O Barracuda segue para Porto Alto, onde os moradores locais inicialmente recebem o navio com hostilidade, até que Lana consegue explicar que a tripulação se juntou a eles. Lana passeia pela ilha com Conan e Jimsy, onde encontra Orlo.

Conan, Jimsy e Lana vão para Vila do Moinho, distrito industrial de Porto Alto. Conan conhece o Sr. Gull. Enquanto isso, Jimsy é perseguido e mata um enorme javali quando os dois caem da beira de um penhasco. Porém a vitória durou pouco, já que o porco não era selvagem, e pertencia a Orlo. Depois de saber disso, Conan e Jimsy vão até Orlo para assumir a responsabilidade.

Ao chegarem à montanha, Conan e Jimsy são atacados e capturados pela gangue anarquista de Orlo. No momento em que as coisas começam a ficar feias, Lana, que percebeu a ausência de Conan e Jimsy, chega e dá uma lembrança de sua mãe, um colar valioso, para compensar a perda do porco.

Lana has a premonition about an Industrian attack on High Harbor, a message she is sure was sent by her grandfather. To ease her mind, Conan takes her to Tito's village, where Jimsy has become a pig herder, and he also shows her the treehouse they have erected to live in. Meanwhile, Orlo is visited by Dyce, who has tired of life on land and wants to set out to sea again. Dyce convinces Orlo to help fix the Barracuda, in return for Dyce helping to kill Conan and Jimsy. But at the very moment the deed is to be committed, Industrian troops under Monsley launch an attack against High Harbor.

Conan e Jimsy exploram a nave da Indústria, enquanto Lana avisa a vila sobre a invasão. Os homens de Orlo tentam repelir os invasores. Lana é nocauteada por um tiro de canhão, e quando Conan vê o porco de Jimsy, que lhe havia sido confiado, chegando sozinho, ele imediatamente corre para salvá-la.

Conan salva Lana dos soldados da Indústria, mas fica inconsciente; Lana consegue escondê-lo antes de ser capturada e levada a bordo da canhoneira. A Indústria ocupa Porto Alto, e Orlo é nomeado governador. Para privá-los de seu único apoio, Conan e Gil, o único aldeão que conseguiu escapar, preparam-se para afundar a canhoneira com explosivos.

Quando os animais da ilha começam a agir de forma estranha, Lana sabe que outro terremoto está para acontecer e corre para avisar os moradores. Quando Orlo a impede, Lana informa telepaticamente a Conan que um maremoto está chegando. Conan avisa a todos, correm para lugares mais altos enquanto a onda chega. Com o Barracuda encalhado, os soldados desistem e os aldeões vencem a guerra.

O chefe da aldeia permite que os soldados se juntem à sua comunidade. Conan decide retornar à Indústria usando um velho hidroavião deixado pelo Doutor Lao na caverna de preservação de peixes. Junto com Jimsy, Monsley, Lana como marceneiro de última hora e Dyce como clandestino, Conan parte de Porto Alto; mas logo ao chegar à Indústria, o grupo encontra o Falco restaurado.

Conan e Monsley invadem Industria e são capturados. Perseguidos, Lana, Dyce e Jimsy encontram um caminho para o quartel subterrâneo dos cidadãos de classe baixa de Indústria. Eles finalmente encontram Luke e seus amigos e descobrem com eles que o Doutor Lao conseguiu fazer um acordo.

Conan desce até a área residencial para resgatar Lana. Depois de ouvir as intenções de Lepka de inundar as cavernas, ele tenta desarmar as bombas usadas para criar a brecha de inundação. Lana se entrega para salvar os moradores; mas depois que ela está de volta em suas mãos.

Conan continues going up the tower to confront Lepka, who attempts to flee via a flying machine, with Lana as his hostage. Conan cripples the vessel and saves Lana, while Lepka apparently perishes aboard the crashing machine. While Dyce takes Monsley away for medical treatment and keeps her company, Lana wakes Dr. Lao, and together they and the High Council scientists work to complete the Solar Tower and activate the satellite. The link-up is successfully established, and Industria gains the power it needs to facilitate the evacuation program. After preparations are initiated, Lao uses the Triangle Tower's holographic park to explain to Conan, Lana and Jimsy that the old world's dream of unlimited power - an unattainable illusion - was responsible for the great catastrophe that devastated the Earth, and that humanity shall henceforth learn to live in harmony with nature again.

As new earthquakes begin to herald Industria's incoming destruction, Lepka, who has survived the crash of his flyer, and a troop of loyalists secretly channel some solar power underground to charge up the Giganto, a giant warplane left over from the last war. When the power leak is discovered and cut, Lepka's forces covertly seize the control room and continue to divert power to the plane. Noticing the takeover, Lana and Monsley escape aboard the Falco to inform the others. Conan and his friends have just finished raising the sunken passenger ship when Lana and Monsley warn them about Lepka, and they return to Industria; but having completed recharging, the Giganto takes off. Conan's group attempts to stop it, but ends up crashing through the plane's surface. After pushing the Falco back out to enable Monsley and Lana to return to Industria, Conan, Jimsy and Dyce infiltrate the Giganto.

Após escaparem das tentativas de Lepka de eliminá-los, Conan, Jimsy e Dyce começam a infligir danos críticos ao Gigante. Conan confronta Lepka enquanto ele tenta escapar. Apesar da tentativa de Conan de salvá-los, Lepka e o restante de seus homens são abandonados à própria sorte a bordo do Gigante condenado.

A caminho de Porto Alto, o navio de passageiros resgata Conan, Dyce e Jimsy do mar. Os moradores de Porto Alto comemoram a reabertura do Barracuda. ​​Muitos dos novos moradores, incluindo Conan, Lana, Jimsy, Tera, Luke, Monsley e a tripulação do Barracuda, partem para estabelecer uma nova colônia na Ilha Remanescente, que, após o cataclismo, se tornou um novo continente.