Os acontecimentos em Stargate Atlantis seguem-se ao episódio final Lost City da sétima temporada de Stargate SG-1, no qual a equipe SG-1 encontrou um posto avançado na Antártida construído por uma raça conhecida como os Antigos. Com os desdobramentos em New Order, episódio inicial da oitava temporada de Stargate SG-1, o Comando do Stargate envia uma equipe internacional para investigar o posto. O Dr. Jackson descobre a localização da mais grandiosa cidade criada pelos Antigos: Atlântida. A nova série acompanha as aventuras de um grupo de cientistas e militares que embarcam numa viagem sem volta para aquela cidade, na Galáxia Pégasus. Da mesma maneira que as equipes SG de Stargate SG-1, o uso, pela nova equipe, do Stargate coloca a humanidade em contacto com outras culturas, algumas humanas, outras alienígenas, algumas amigáveis, outras profundamente hostis, como os Wraith.
O Tenente Ford recupera-se tão rapidamente de seu encontro com os wraiths que o Dr. Beckett começa a perceber que Ford pode ter sido infectado por uma enzima dos wraiths. Mas o alívio da equipe após ter sobrevivido ao primeiro ataque dos wraiths à Atlantis dura pouco, pois seus inimigos já estão planejando a próxima onda de ataque. McKay elabora um plano drástico, mas o tempo se esgota rapidamente.
Quando um cientista morre, McKay acredita que a causa foi um problema técnico. Porém, quando outro cientista é morto, McKay começa a suspeitar de sabotagem. McKay descobre um vírus wraith que está invadindo rapidamente os controles e deixa a tripulação cada vez mais impotente. A equipe luta contra o tempo para tentar impedir que sua nave se volte contra eles mesmos.
Em sua contínua busca por Ford, que foi infectado pelos wraiths, a equipe encontra Ronon Dex, um guerreiro corajoso que sobreviveu a uma batalha com um wraith e tem fugido desde então. Ronon conta que sabe o paradeiro de Ford. Mas quando encontram Ford, a equipe rapidamente percebe que pode não ser capaz de salvar Ford daquilo em que ele se tornou.
Após ser resgatado de um dardo wraith, o Dr. McKay e o novo membro da equipe Tenente Laura Cadman, ficam presos no equipamento de transporte. O Dr. Zalenka consegue materializar McKay, mas o nosso cientista brilhante descobre que há uma visita inesperada em seu próprio corpo: a mente de Cadman foi extraída com ele e está dentro da sua mente!
A equipe visita um planeta tecnologicamente avançado, habitado por uma civilização misteriosamente não atingida pelos wraiths. A equipe conta à Dra. Weir sobre sua descoberta e ela começa a suspeitar que esse ambiente idílico pode ser o resultado de um pacto sinistro entre o líder do planeta e os wraiths.
A equipe de Atlantis pode ter encontrado uma nova fonte de energia para sua cidade a partir de uma tecnologia não aperfeiçoada pelos anciões. No entanto, as esperanças transformam-se em medo quando os primeiros testes de McKay resultam em uma morte. Será que McKay conseguirá desvendar a complicada tecnologia dos anciões sem colocar Sheppard e a si mesmo em perigo mortal?
A equipe encontra um cientista chamado Zaddik que vive com Ellia, uma criança wraith. O Dr. Beckett reúne-se com Zaddik, na esperança de efetuar um experimento controlado em Ellia, utilizando um retrovírus que ele vem desenvolvendo. No entanto, a fórmula ainda não aperfeiçoada provoca o efeito contrário ao desejado.
Após seu encontro com a criança wraith mutante, Sheppard começa a apresentar sintomas similares aos apresentados por Ford após o ataque espectro. O Dr. Beckett percebe que uma pequena quantidade do retrovírus está na corrente sanguínea de Sheppard. A equipe precisa descobrir urgentemente uma saída para salvar a vida de Sheppard.
A equipe descobre centenas de tripulantes congelados em câmaras de estase interligadas a uma interface de realidade virtual. Sheppard entra numa câmera vazia e se conecta à interface. No entanto, uma das câmaras contém um wraith. Eles precisam encontrar um modo de impedir que este wraith descubra os segredos que eles próprios buscam dos anciões.
Sheppard, McKay, Teyla e Ronon caem em uma emboscada e tornam-se prisioneiros do Tenente Aiden Ford. Decidido a provar a todos que a enzima wraith é ao mesmo tempo segura e útil, Ford os contamina com a droga. Ele ordena que a equipe auxilie em uma missão especial: a destruição de uma nave colmeia wraith.
Sheppard, Teyla, Ronon e Ford tentam escapar da nave na qual estão presos como reféns. No planeta de Ford, McKay infecta a si mesmo com uma grande dose de enzima wraith para ter força e derrubar seus guardas. McKay e Caldwell precisam arquitetar um plano para trazer o resto da equipe de volta em segurança.
A equipe de Atlantis descobre um portal com gravações dos anciões, e Sheppard é acidentalmente puxado para o outro lado. A Dra. Weir descobre que Sheppard foi transportado para outro tempo. No entanto, há um aviso inscrito na pedra: uma vez cruzado o portal, não há mais possibilidade de volta.
A equipe descobre que os goa'ulds colocaram uma bomba em Atlantis, e qualquer sobrecarga poderá detonar a explosão. A cidade precisa permanecer invisível para os wraiths, mas isso pode causar a explosão da fonte de energia. A Dra. Weir descobre que o culpado é um membro da sua equipe.
A equipe descobre uma réplica exata de Atlantis em um planeta que estão explorando. O planeta é defendido pelo Protetor, que utiliza a tecnologia para manter os habitantes na linha e os Wraith afastados.
A equipe descobre duas cápsulas de salvamento flutuando no espaço e acaba transferindo as mentes dos indivíduos para Sheppard e para a Dra. Weir. A situação piora quando a equipe descobre que os dois querem se matar.
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